В 1947 година стана военен конфликт между китайците и японците. Китайците приближиха своите войски и откриха огън през английската територия по военните плавателни съдове, стоящи на котва на река Вампу. Съдовете стояха близо до брега, скрити от голямо и дълго, във вид на тераса, здание, в което имаше 36 помещения. Пи началото на обстрела хората, намиращи се там, избягаха. Блажени Йоан разбра, че всички помещения отдясно, и отляво на църквата са напълно разрушени. На първия етаж, където по-рано беше кухнята, бе разположена медицинска част. Там паднал взрив, били счупени всички стъклени съдове и дори полиците. Но помещението, където беше църквата, се беше запазило: стените бяха непокътнати, нямаха дори пукнатина. Никой не вярваше в това. Архиепископ Йоан реши да огледа църквата през нощта, когато по улиците на Концесията няма никой. Когато той стигнал до моста през канала, го спряла японската охрана. Понеже японците не го разбирали, единият от тях изтичал за преводач, който казал на Епископа, че не може да се върви по улиците, тъй като по цялата улица се води бой между китайската пехота и японските морски пехотинци. Можело отчетливо да се чуе престрелката. И преводачът казал:“Вие отивате на сигурна смърт”.

Но Епископа поискал писмено разрешение да премине. Преводачът изтичал и се върнал с разрешение от щаба.

Блажени Йоан се спуснал по тъмната улица и се оказал в зоната на стрелба. Огънят спрял докато той пресичал улицата, но след неговото минаване бил възобновен.

Блажени Йоан огледал църквата и се върнал по същия път. По-късно той разказваше, че я цялото помещение дори стъклата на прозорците са се запазили цели, нито една икона не е паднала. Когато пък той се връщал обратно през моста, японската охрана му отдала войнска чест, понеже били изумени, говорейки, че Бог го е превел нататък и обратно.